protocolo-example/Readme.md

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title: "Protocolo de Investigación: Uso de Markdown para la Redacción Científica"
author: Gerardo Marx Chávez-Campos
bibliography: referencias.bib
csl: ieee.csl
header-includes:
  - \usepackage{graphicx}
  - \usepackage{booktabs}
  - \usepackage{amsmath}
output: pdf
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Introducción

La redacción científica es una competencia fundamental para investigadores y estudiantes de posgrado [@lopez2021tesis] . En la era digital, el uso de lenguajes de marcado como Markdown ha cobrado relevancia por su simplicidad [@garcia2023markdown], compatibilidad y capacidad de conversión a múltiples formatos mediante herramientas como Pandoc [@witting2019],[@pandoc_manual].

Antecedentes

Diversos autores han explorado metodologías para facilitar la escritura académica con tecnologías abiertas. Por ejemplo, Nobis et al. (2022) discuten el uso de Markdown y Pandoc como herramientas efectivas para la producción científica reproducible [@nobis2022markdown]. Además, herramientas como Zettlr y Obsidian han sido adoptadas en contextos educativos para gestionar bibliografía y redactar textos con apoyo de BibTeX [@knuth1984texbook].

Objetivo General

Explorar y ejemplificar el uso de Markdown y Pandoc como herramientas para la redacción estructurada de protocolos y artículos de investigación científica.

Objetivos Específicos

• Redactar un protocolo completo en formato Markdown.
• Integrar referencias bibliográficas con BibTeX.
• Usar Pandoc para convertir el archivo a PDF, DOCX y otros formatos.
• Emplear plantillas de Word para estandarizar la salida.

Metodología

En la Figura @fig:flow se muestra el flujo del proceso al usar Pandoc. Nota: esta es la forma de hacer referencias cruzadas, pero requiere instalar pandoc-crossref disponible en https://github.com/lierdakil/pandoc-crossref/releases/tag/v0.3.20.

{#fig:flow}

Estas referencias cruzadas se pueden usar para bloques o tablas considerando la misma etiqueta siempre. Por ejemplo en la @tbl:formatos se muestran los formatos posible de conversión.

Entrada	Salida	Posible
md	docx	Si
md	pdf	Si
md	tex	Si

: Formatos de entrada salida {#tbl:formatos}

En la ecuación @eq:relatividad, para más opciones de referencias cruzadas, ver http://lierdakil.github.io/pandoc-crossref/#table-labels.

E = mc^2 

Herramientas

• Markdown (.md) como formato base.
• BibTeX (.bib) para gestión bibliográfica.
• Pandoc para conversión de formatos.
• Plantilla de Word para formato estándar de salida.

Estructura del archivo Markdown

El archivo incluirá metadatos (YAML) al inicio del archivo md que debe tener una estructura similar a la siguiente:

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title: "Protocolo de Investigación"
author: "Tu Nombre"
date: \today
fontsize: 12pt
geometry: margin=2.5cm
documentclass: article
header-includes:
  - \usepackage{graphicx}
  - \usepackage{amsmath}
  - \usepackage{hyperref}
  - \usepackage{float}
  - \usepackage{booktabs}
  - \usepackage[spanish]{babel}
  - \usepackage[utf8]{inputenc}
  - \usepackage[T1]{fontenc}
  - \usepackage{lipsum}
---

Después de los metadatos, el contenido del archivo está estructurado en función de la convocatoria, formato de publicación o plantilla. Las citas bibliográficas se realizarán siguiendo la siguiente sintaxis [@clave]. Estas claves de cita son definidas en un archivo complementario, que en el caso de este repositorio es llamado referencias.bib.

Archivos bibtex

El contenido del archivo referencias.bib sigue el formato tipo Bibtex y a continuación se indican las estructuras de las entradas más comunes como: artículos, libros, capítulos de libro, tesis, congresos, recursos en la web.

Artículo de revista

@article{apellido2024ejemplo,
  author  = {Apellido, Nombre},
  title   = {Título del artículo},
  journal = {Nombre de la Revista},
  year    = {2024},
  volume  = {12},
  number  = {3},
  pages   = {123--134},
  doi     = {10.1234/ejemplo.doi}
}

Libro

@book{autor2022libro,
  author    = {Apellido, Nombre},
  title     = {Título del Libro},
  publisher = {Editorial Ejemplo},
  year      = {2022},
  edition   = {2},
  address   = {Ciudad}
}

Capítulo de libro

@incollection{apellido2021capitulo,
  author    = {Apellido, Nombre},
  title     = {Título del Capítulo},
  booktitle = {Título del Libro},
  editor    = {Editor, Nombre},
  publisher = {Editorial},
  year      = {2021},
  pages     = {45--60},
  address   = {Ciudad}
}

Trabajo de tesis

@phdthesis{gomez2020tesis,
  author = {Gómez-Alcaraz, Carla},
  title  = {Título de la Tesis},
  school = {Nombre de la Universidad},
  year   = {2020},
  type   = {Tesis Doctoral}
}

Trabajo de congreso

@inproceedings{rojas2023congreso,
  author    = {Rojas, Pedro},
  title     = {Título del Trabajo},
  booktitle = {Memorias del Congreso Internacional de Ingeniería},
  year      = {2023},
  pages     = {234--240},
  address   = {Ciudad, País}
}

Recurso en la web

@misc{pandocmanual,
  author = {MacFarlane, John},
  title  = {Pandoc User's Guide},
  year   = {2024},
  note   = {Disponible en: \\url{https://pandoc.org/MANUAL.html}}
}

Estilos de citas CSL

https://github.com/citation-style-language/styles-distribution/blob/master/ieee.csl?

Ejemplos de comandos Pandoc

# Convertir a PDF usando cita bibliográfica y plantilla de CSL
pandoc protocolo.md --citeproc -o protocolo.pdf

# Convertir a DOCX con plantilla personalizada
pandoc protocolo.md --citeproc --reference-doc=plantilla.docx -o protocolo.docx

# Convertir a HTML
pandoc protocolo.md --citeproc -o protocolo.html

# Convertir a DOCX con citas y referencias cruzadas
pandoc protocolo.md --filter pandoc-crossref --citeproc -o protocolo.docx

# Otro alternativa
pandoc protocolo.md -o prueba.docx --filter pandoc-crossref --citeproc

Flujo de trabajo

1. Crear archivo protocolo.md.
2. Crear archivo referencias.bib.
3. Ejecutar comandos Pandoc desde terminal.
4. Validar formato de salida.

Referencias

Las referencias se encuentran almacenadas en el archivo referencias.bib y se integran automáticamente mediante Pandoc.